原因不明の海面上昇によって、地表の多くが海に沈んだ近未来。

幼い頃の事故によって片足を失った少年・斑鳩(いかるが)夏生(なつき)は、都市での暮らしに見切りを付け、海辺の田舎町へと移り住んだ。

身よりのない彼に遺されたのは、 海洋地質学者だった祖母の船と潜水艇、そして借金。

夏生は“失った未来”を取り戻すため、謎の借金取り・キャサリンと共に、祖母の遺産が眠るという海底の倉庫を目指して潜る。

そこで見つけたのは、 棺のような装置の中で眠る不思議な少女――アトリ。

彼女は、人間と見紛うほどに精巧で感情豊かなロボットだった。 海底からサルベージされたアトリは言う。

「マスターが残した最後の命令を果たしたいんです。 　それまで、わたしが夏生さんの足になります！」

海に沈みゆく穏やかな町で、 少年とロボットの少女の、忘れられない夏が始まる――。